Türklerin Çanakkale bölgesine gelişleri Karesi Beyliği dönemindedir. Karesi Beyliği 14.yüzyılın başlarında Balıkesir havalisi ve Çanakkale taraflarında kuruldu. Karesi Bey, Moğollardan kaçarak kendisine iltica edenleri ve Ece Halil komutasında Dobruca’dan gelen Sarı Saltuk Türkmenlerini, kendi arazisine yerleştirmek suretiyle bu bölgede Türk nüfusunu arttırdı. 1484 yılında Akkirman’ın fethinden sonra bir miktar Hıristiyan halk, Biga ve yöresine sürgün edilerek iskân edildiler.

Türklerden sonra Çanakkale’de yaşamaya başlayan grup Rumlardı. Rumlar Çanakkale’de önceleri dağınık biçimde yaşıyorlardı. Kapitülasyonların kesin olarak verildiği 1740 yılında Çanakkale’de 80 ailenin oluşturduğu bir Rum Mahallesi vardı.

Çanakkale’ye Ermenilerin kesin olarak ne zaman geldikleri bilinmemekle beraber en erken tarih 1529 olarak kaynaklarda gösterilmektedir. 1529 yılında Şah İsmail’in oğlu Şah Tahmas’ın idaresinden kaçan 83 Gregoryan Ermeni ailesi Çanakkale’ye gelerek iskân edildiler.

Çanakkale’de üçüncü grup olarak Yahudiler yaşıyordu. Yahudilerin, Çanakkale’ye gelişleriyle ilgili kesin bilgi bulunmamaktadır. Ancak Çanakkale Yahudi topluluğunun lehçelerinin İspanya İbranicesi olması sebebiyle Türkiye’deki diğer Yahudiler gibi onların da 1492’de İspanya’dan geldikleri kabul edilmektedir.

Çanakkale’de dördüncü Gayrimüslim topluluk Katolik Latinlerdi. 1848 yılında küçük bir Katolik Latin topluluğu da Çanakkale’ye gelerek yerleşti. Osmanlı Devleti’nde nüfus hareketlerini etkileyen en önemli olaylardan biri 1838 Osmanlı-İngiliz Ticaret Antlaşması olmuştu.  Batılı devletlerin ayrıcalıklı tüccarları Osmanlı Devleti’nin özellikle sahil bölgelerine akın etmişlerdi. Ayrıca 1839 Tanzimat Fermanı ve 1856 Islahat Fermanı ile birlikte hem gayrimüslim tebaanın her türlü faaliyeti, batılı devletlere verilen garanti sebebiyle, Osmanlı Devleti tarafından büyük bir titizlikle korunurken batılı büyük devletler de her türlü olumsuzluk karşısında Osmanlı Devleti’ne müdahale etmeyi kendilerine bir görev saydılar. Islahat Fermanı’nın içeriğinde en önemli hususlardan birisi de gayrimüslimlerin kilise, havra, manastır gibi dini binaları inşa etmelerine izin vermesiydi. Çanakkale’de de gayrimüslimler önemli bir nüfusa sahipti. Bu gayrimüslimlerin içerisinde Katolik Hıristiyanlar da vardı. Bunlar dini ibadetlerini Tanzimat fermanından beri küçük bir kilisede yapıyorlardı.

1856 Islahat Fermanı’ndan sonra 1858 yılında Yalı Caddesi’nde Fransız Konsolosluğu bitişiğinde Çanakkale Katolik Kilisesi resmen faaliyete geçmişti. Zaman içerisinde yanına bir de papaz evi ve Katolik Okulu inşa edildi. Ziver Paşa’nın Biga Mutasarrıflığı döneminde tamir geçiren kilise, Mustafa Paşa’nın mutasarrıflığı döneminde de Fransız Sefareti’nin girişimleri ile Çan Kulesinin 12 metreye yükseltilmesini sağlamıştı.

Çanakkale Katolik Kilisesi, Boğazdan geçen gemilerin ve Çanakkale’ye denizden gelenlerin adeta bir nirengi, hareket noktası olmuştu.  Fransız Konsolosluğu Çanakkale Savaşları’ndan önemli yara almışsa da kiliseye mermiler fazla bir zarar vermemişti. Mütareke yapıldıktan sonra Fransız İşgal Komutanlığı konsolosluk binasının hasarlı olması sebebiyle Yalı Caddesi üzerinde bulunan Çanakkale Vilayet binasının bir kısmını kullanmış bu da bir dizi yazışma ve soruna neden olmuştu. Lozan Antlaşması’nın imzalanmasından sonra Çanakkale’de sadece ticaretle uğraşan bir grup Katolik Hıristiyan yaşamaya devam etmiştir.  1927 yılı nüfus sayımına göre Çanakkale’deki Katolik Hıristiyan nüfus 3.011 kişidir ki bu rakam oldukça yüksektir. Çanakkale’de yaşayan Katolik Hıristiyan sayısının 1935 sayımında 24’e düştüğü görülmektedir. Bu insanlar dini ibadetlerini Katolik Kilisesi’nde yapmaya devam etmişlerdir.

2.Dünya Savaşı’nın başlamasıyla birlikte sayıları iyice azalan Katoliklerin yine de  Çanakkale’de varlıklarını sürdürdükleri görülmektedir. Zira Çanakkale’nin askeri bölge ilan edilmesi sebebiyle yabancılar bölgeden ayrılmak zorunda kalmışlardı. Çanakkale’de yaşayan Katoliklerin dini vazifelerini yapabilmeleri için Cumhurbaşkanı İsmet İnönü ve Bakanlar Kurulu’nun 8 Ocak 1940 tarihinde çıkarılan bir kararname ile “İstanbul’da ikamet etmekte olan Çanakkale Katolik Kilisesi rahibi Fransız tebaasından Josef Guillois’ya ruhani vazifesini icra etmek ve her defasında on gün kalmak şartı ile yılda dört defa Çanakkale’ye gitmesine”  izin verilmişti.

2.Dünya Savaşı sonrasında Çanakkale’de Katolik kalmadı. Yalı Caddesi’nde deniz kenarında bulunan Katolik Kilisesi de kapandı. Uzun yıllar kapalı kalan kilisenin yanına Vakıflar Genel Müdürlüğü 1967 yılında on dört dükkân, bir lokanta, bir kafeterya ve sekiz büronun yer aldığı bir Vakıflar Çarşısı yapmaya karar verdi. İnşaatın yapılacağı yerde Vakıflara geçmiş olan iki bina yıkılacaktı. Kiliseye dokunulmayacağı açıklanmıştı. Çanakkale Vakıflar Çarşısı 15 Şubat 1968 Cuma günü 700 bin 158 lira 76 kuruşa ihale edildi.

8 Ocak 1968 günü Çanakkale Valisi Celalettin Tüfekçi, Çanakkale’de Vakıf Çarşı’nın yapılacağı yere gelerek incelemelerde bulundu. Vali Tüfekçi Katolik Kilisesi’nin içini de gezdi. Kilisenin yatırıma mani olacak herhangi bir durumu olmadığını belirterek, eski binaların yıkım işini üstlenen müteahhide çalışmalarını daha da hızlandırması talimatını verdi.

Vakıf Çarşısı’nın (İşhanı) yapılacak olan sahadaki iki bina yıkıldı. Ortada ise sipsivri şekilde Çanakkale Katolik Kilisesi kaldı. Kilisenin çevresindeki binaların yıkılması kiliseyi de etkiledi. Zaman zaman kısa süreli meydana gelen depremlerin kilisenin ana duvarları ile tavanında belirli çatlaklar meydana getirdi. Vakıf Çarşısı’nın yapılacağı haberleri ortaya çıkması ile birlikte Çanakkale kamuoyunda bir de kulaktan kulağa Çanakkale Katolik Kilisesi’nin herhangi bir mimari değeri bulunmadığı, cemaatinin de kalmadığı ve sahipsiz bir yapı olduğu sözleri giderek yaygınlaşmaya başladı. Hatta binada çevresindeki binaların yıkımı sırasında meydana gelen çatlakların zamanla daha da büyüyeceği ve bu durumu ilgililerin göz önüne alması gerektiği şeklinde bir de teknik rapor hazırlandı.  Kaderine terk edilen tarihi Çanakkale Katolik Kilisesi 1968 yılı Ekim ayında yağan şiddetli yağmur sonrası önce tavanı çöktü sonra da insanlara zarar vereceği belirtilerek alınan bir kararla yıkıldı.

Vakıflar Çarşısı’nın inşaatı hızla devam etti. Bir yıl içerisinde dördüncü katı da tamamlandı. 1969 yılı Eylül ayında çarşının son kısmının da ihalesi yapıldı ve çarşı 16 Aralık 1970 tarihinde tamamlandı. Çarşıdaki dükkânlar, bürolar, kafeterya ve lokantanın kira ihalesi de 8 Ocak 1971 Cuma günü gerçekleştirildi. Vakıf Çarşısı’nın temelinin atılmasından dört yıl sonra, Çanakkale milletvekili Zekiye Gülsen, 15 Şubat 1972 günü Vakıf İşhanı’nı dolaşarak kendine özgü samimiyet ve güler yüzlülüğüyle “Artık Ankara ve İstanbul’dan giyinmeye ihtiyaç kalmadı” diyerek alışveriş yaptı.

Yaklaşık yüz otuz yıl ayakta kalan ve Çanakkale’ye gelen turistlerin kılavuz yeri olarak seçtikleri Çanakkale Katolik Kilisesi sadece resimlerde, gezi rehberlerinde ve tarihsel belgeler arasında kaldı.